Целями деятельности Администрации являются:

1) эксплуатация и развитие внутренних водных путей и гидротехнических сооружений;

2) обеспечение судоходства на внутренних водных путях, безопасности судоходных гидротехнических сооружений.

Для достижения целей Администрация в бассейне внутренних водных путей осуществляет следующие основные виды деятельности в соответствии с установленными целями и государственным заданием:

1) содержание внутренних водных путей (путевые работы на внутренних водных путях и навигационно-гидрографическое обеспечение условий плавания судов);

2) содержание судоходных гидротехнических сооружений и пропуск судов и иных плавучих объектов через судоходные гидротехнические сооружения;

3) государственный портовый контроль;

4) осуществление мероприятий по обеспечению транспортной безопасности объектов транспортной инфраструктуры и транспортных средств, находящихся в оперативном управлении у Администрации;

5) государственная регистрация судов в Государственном судовом реестре, реестре арендованных иностранных судов, реестре строящихся судов;

6) выдача удостоверений личности моряка;

7) организацию мероприятий по обеспечению мобилизационной подготовки в Администрации и организациях внутреннего водного транспорта, проведение в Администрации мероприятий по гражданской обороне, защите государственной тайны и конфиденциальных сведений, безопасности шифровальной службы;

8) согласование названий судов внутреннего водного транспорта при регистрации их в государственном реестре;

9) дипломирование лиц командного состава судов и членов экипажей спортивных парусных судов;

10) выдача лоцманских удостоверений о праве лоцманской проводки судов;

11) организация проведения работ по ликвидации разливов нефти и нефтепродуктов на внутренних водных путях с судов и объектов речного транспорта;

12) выявление и учет бесхозяйных судов, установление их владельцев;

13) выдача свидетельств о минимальном составе экипажа судна;

14) создание и обновление государственных навигационных карт внутренних водных путей, государственных электронных навигационных карт внутренних водных путей Амурского бассейна.

Услуги по использованию инфраструктуры внутренних водных путей и другие услуги, осуществляемые на платной основе:

1) диспетчерское регулирование движения судов и управление движением судов на участках внутренних водных путей, имеющих ограничения по условиям плавания, и мониторинг движения судов на остальных участках внутренних водных путей;

2) организацию технологической связи на внутреннем водном транспорте;

3) навигационное обслуживание судов — информационное обеспечение судов путевой и гидрометеорологической информацией.