Структурные подразделения учреждения
В настоящее время в составе Администрации для осуществления уставных функций, выполнения работ и услуг по направлениям деятельности созданы следующие структурные подразделения:
- службы: пути; связи; картографическая; государственного портового контроля; государственной регистрации судов; речной деятельности; транспортной безопасности; технической эксплуатации; кадровой политики; финансовая; юридическая; дипломирования, аттестации, оформления удостоверений личности моряка; контрактная по закупкам товаров, работ и услуг.
- инспекции государственного портового контроля портов Благовещенск, Хабаровск, Комсомольск и Николаевск-на Амуре.
- отделы: навигационных карт; русловых изысканий; согласований, технических условий, заключений и НИОКР; охраны труда; информационно-компьютерного обеспечения; мониторинга движения судов; экологической и пожарной безопасности; материально технического снабжения; технической эксплуатации береговых объектов; имущественных отношений; административно - хозяйственный; бухгалтерского учета и отчетности; экономического анализа, прогнозирования и планирования; мобилизационной подготовки, ГО и режима.
- канцелярия Смешанной российско-китайской комиссии по судоходству.
- служебно-разъездной теплоход "Исток" .